2022年8月3日，中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院（中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液學(xué)研究所）程濤教授、高欣副研究員合作在Nucleic Acids Research《核酸研究》在線發(fā)布了題為“ABC portal: a single-cell database and web server for blood cells”（ABC數(shù)據(jù)庫(kù)：一個(gè)對(duì)血液單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行交互式探索和再分析的數(shù)據(jù)庫(kù)）的研究論文。該研究基于以往工作基礎(chǔ)創(chuàng)建了首個(gè)包含人和小鼠的血液?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)。
血細(xì)胞/免疫細(xì)胞在人體正常生理和病理狀態(tài)下都具有重要的功能，單細(xì)胞技術(shù)極大地推動(dòng)了血液與免疫系統(tǒng)的研究。2017年，在中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程支持下，程濤教授聯(lián)合國(guó)內(nèi)外學(xué)者在國(guó)內(nèi)率先牽頭啟動(dòng)了血液細(xì)胞圖譜（Atlas of Blood Cell，ABC）研究計(jì)劃，旨在以血液系統(tǒng)為突破口，建立系統(tǒng)全面的細(xì)胞參考目錄，為血液系統(tǒng)及相關(guān)疾病的致病機(jī)制和精準(zhǔn)診療奠定基礎(chǔ)。五年來(lái)，研究團(tuán)隊(duì)取得了許多重要原創(chuàng)成果，大量單細(xì)胞研究的涌現(xiàn)為本領(lǐng)域研究者提供了寶貴的數(shù)據(jù)資源。但由于原始數(shù)據(jù)需要下載整理、分析處理和缺乏細(xì)胞類(lèi)型注釋等原因，阻礙了這些數(shù)據(jù)資源的有效使用。因此，建立一個(gè)血細(xì)胞/免疫細(xì)胞的共享數(shù)據(jù)庫(kù)，系統(tǒng)性收集整理、注釋這些數(shù)據(jù)，并提供交互式的再分析工具，將為研究者探索和研究血液生理和血液疾病提供數(shù)據(jù)資源和分析工具。
ABC portal 數(shù)據(jù)庫(kù) (http://abc.sklehabc.com) 是ABC研究計(jì)劃的重要組成部分，共計(jì)收錄了國(guó)際上公開(kāi)發(fā)表的198套人和小鼠的血液/免疫相關(guān)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涉及文獻(xiàn)150篇，其中國(guó)內(nèi)研究工作的貢獻(xiàn)率占比高達(dá)11%。該數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋了血液/免疫細(xì)胞的發(fā)育、分化和疾病相關(guān)的大量數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)來(lái)源覆蓋了骨髓、外周血、胎肝等各種造血組織。為了方便用戶對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行探索分析，所有數(shù)據(jù)都使用人工矯正后的單細(xì)胞參考數(shù)據(jù)進(jìn)行了統(tǒng)一注釋。
ABC portal提供基于網(wǎng)頁(yè)的交互式分析模塊，提供基因表達(dá)、細(xì)胞比例、細(xì)胞相互作用和疾病相關(guān)的基因特征分析。特別是，ABC portal支持基于樣本信息的個(gè)性化的樣本篩選，細(xì)胞類(lèi)型篩選，并對(duì)篩選后的數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步分析；支持跨數(shù)據(jù)集的比較分析。交互設(shè)計(jì)簡(jiǎn)潔易操作，分析內(nèi)容多樣，并且可以設(shè)置個(gè)性化參數(shù)以滿足不同的數(shù)據(jù)分析目的。ABC portal為血液和免疫學(xué)研究者提供了一個(gè)對(duì)海量單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行交互式探索和再分析的數(shù)據(jù)庫(kù)，為血液生理和血液疾病的研究提供了豐富的數(shù)據(jù)資源和工具。
該項(xiàng)目獲得中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程（2021-I2M-1-040，3332021093）、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2021YFA1100900，2021YFC2500300）和國(guó)家自然科學(xué)基金（81890990，81730006，32000469）等基金的支持。中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院（中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液學(xué)研究所）程濤教授、高欣副研究員為共同通訊作者。中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院（中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液學(xué)研究所）高欣副研究員為第一作者。
原文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac646/6654411?login=true
